打败馆主后获得徽章和TM72，HM08 攀岩可以使用了。离开训练馆，回到一开始的神事湖，看到博士被银河团绑架了。打败银河团后飞回冰雪之镇，向左走到达英知湖，再次碰到银河团。
   

飞回トバリシティ[帐幕市]，在大楼前碰到银河团团员，团员丢下钥匙后就逃跑了。利用钥匙进入大楼左边的小仓库，在门口处捡到やみのいし[暗之石]。进入地下仓库，打倒里面的银河团员，途中可捡到TM21、TM36和TM49，在TM36的附近可捡到银河团的钥匙，然后就可以离开了。再次回到大楼，打开地板上写有黄色G字的门，打败里面的银河团团员，在最深处见到银河团BOSS，开战。打败他后获得大师球。进入BOSS右边的研究室，打败里面的干部，3只神秘的PM消失掉。
      

回到てんがんざん[天眼山]，在洞窟深处碰到银河团，再去山顶深处，见到银河团BOSS，此时珍珠[水系＋龙系]/钻石[钢系＋龙系]神兽现身，不过似乎不太正常。打败银河团干部后，那3只神秘PM出现，神兽恢复正常。之后是与银河团BOSS的对战。
   

打败BOSS后，博士等人赶到，然后是主角与神兽间的战斗，Lv.47，抓住吧。
   

抓住/打倒神兽后，前往林事湖，往右穿过R-222，来到ナギサシティ[名木市]，挑战训练馆。

打败馆主后获得徽章和TM57。走出训练馆，在上方海边的女子处获得HM07 登瀑。最后的目标就是精灵联盟了，从得到HM07的女子处往上冲浪，进入冠军之路，冠军之路需要冲浪、怪力、碎岩、攀岩、登瀑等技能，请做好准备。走出冠军之路，正准备进入天王的房间时遇到对手，开战。

接下来就是四大天王和冠军了。

打败天王和冠军后，主角成为新奥地区的新冠军，一周目结束。不过故事到此并未结束，还有更多的挑战在等待着我们……


二周目前奏：

通关后可以捕捉很多神兽，许多旧版的PM也会出现。但是前提必须是取得全国图鉴。

全国图鉴取得方法：

要升级到全国图鉴，必须收集完新奥的150只PM图鉴，这里只要求见过PM，无须抓住。
在通关时跟地图上的训练员对战，可获得除神兽外的绝大多数PM图鉴。
鲁卡力欧的退化是需要自己孵出来的，获得方法是到未央市（大地图最左边）坐船，进入山洞，和酷似艾伦的人组队，打掉深处的银河团团员，即可获得鲁卡力欧退化的蛋。
到寒风镇（有遗迹，从太婆手里取得HM03冲浪的镇子）中间上方的房子里跟太婆对话，即可取得另外一只神兽的图鉴。
接下来是3圣菇的图鉴。到3大湖（分别在最上方、左下角和右下角）里冲浪，进入湖中心的山洞，即可见到圣菇。需要注意的是，红色圣菇会逃跑，不进行战斗，但会在图鉴上记录，其他两只圣菇会进入战斗，各50级，抓住吧。
这时候图鉴应该集齐了。若差No.065的图鉴，将DS的日期改成星期五，到发电厂旁边就能见到它；若差音符鹉，到地图最中间的城市，往下到R-212，跟这里的训练员对战即可见到，或者到白带市用No.056换到。其他PM请自行摸索。
集齐图鉴后，回到七釜户博士的研究所，对话，大木博士出现，图鉴升级为全国图鉴。

到冰雪之镇（地图最上方）左下角坐船，可到达大地图最右上角的那块地带。

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